Como forma de compensação ambiental pelo impacto causado pela implantação da UHE Samuel, o Decreto Estadual n° 4.247, de 18 de junho de 1989, instituiu a Unidade de Conservação (UC) Estação Ecológica de Samuel, em atendimento à Resolução Nº 10, de 03 de dezembro de 1987, do Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), prevendo a conservação de amostras de ecossistemas de áreas que serão inundadas.
A Estação Ecológica Estadual de Samuel (ESEC Samuel) localiza-se no estado de Rondônia, nos municípios de Candeias do Jamari e Itapoã do Oeste. Também no anexo 2, pode ser observada a carta imagem gerada para a região da ESEC. A ESEC foi criada pelo Decreto Estadual nº 4.247, de 18 de julho de 1989, abrangendo 71.060,7232 hectares, conforme Lei Estadual n° 763, de 29 de dezembro de 1997, que define seus limites. A gestora das Unidades de Conservação Estaduais de Rondônia que tem a competência para estabelecer e cumprir a legislação referente às unidades de conservação é a Secretaria de Estado do Desenvolvimento Ambiental de Rondônia (SEDAM/RO). A ESEC Samuel é considerada uma UC estratégica para a conservação de amostras de alta biodiversidade e singularidade ecológica, bem como para a proteção dos recursos hídricos, ou seja, manutenção das nascentes e vegetação ciliar do reservatório da UHE Samuel (Relatório de Fiscalização da Usina Hidrelétrica de Samuel, 2007). Duas versões preliminares de planos de manejo foram preparadas por equipes da Eletronorte para discussão com a SEDAM, primeiro no ano de 1990, posteriormente atualizada no ano de 1993 (ELETRONORTE, 1993). Estes planos não foram oficializados pela SEDAM, porém são antecedentes importantes de conhecimento da área e histórico da sua situação. A ESEC se destaca pela sua importância para as aves, integrando uma das três Áreas Importantes para a Conservação das Aves no Estado de Rondônia (237 no Brasil) - a IBA (Important Bird Area) Jamari, reconhecida pelos endemismos do interflúvio dos rios Madeira e Tapajós como Capito dayi capitão-de-cinta e Lepidothrix nattereri uirapuru-de-chapéubranco. Outras oito espécies de aves com ocorrência na região e provavelmente encontradas na ESEC Samuel são consideradas ameaçadas de extinção - Tinamus tao azulona, Harpyja harpya gavião-real, Guaruba guarouba ararajuba, Neomorphus geoffroyi jacu-estalo, Pulsatrix perspicillata murucutu, Strix huhula coruja-preta, Pteroglossus bitorquatus araçari-de-nuca-vermelha e Capito dayi capitão-de-cinta.
A ESEC dispõe de precária infraestrutura de acesso, fiscalização e apoio ao cumprimento dos objetivos de manejo. Existe apenas uma benfeitoria gerida pela ESEC Samuel, uma antiga edificação de apoio a pesquisas. O acesso principal se dá a partir da sede da UHE Samuel, seguindo as estradas internas de terra, usadas para manutenção do dique e outros serviços da UHE. A manutenção desta estrada é realizada pela equipe da Eletronorte. O setor norte pode ser acessado através da Vila Samuel. O setor sul pode ser acessado através do município de Itapuã do Oeste. Também é possível o acesso por água principalmente a partir dos igarapés Japim e Jatuarana. Internamente existe apenas uma trilha, partindo do acesso principal, onde está localizada a base de pesquisa e seguindo em direção sudeste até onde estão instalados os sismógrafos. A manutenção da trilha interna é realizada esporadicamente por técnicos da Eletronorte e SEDAM.